El CIESAS Sureste está ubicado en la ciudad de San Cristóbal de las Casas, Chiapas, en el corazón del altiplano chiapaneco. La sede fue fundada en 1985 por un grupo de investigadores encabezados por el Dr. Andrés Fábregas, con la finalidad de promover la investigación en la frontera sur de México. El primer proyecto colectivo impulsado por la unidad fue “Religión y sociedad en el sureste de México”, investigación que innovó temáticas regionales y llevó al establecimiento de la Unidad en Chiapas, primero en la ciudad de Tuxtla Gutiérrez, y luego, en San Cristóbal de Las Casas.
El área geográfica prioritaria de interés para la unidad es el sur y sureste de México, así como América Central, región con la que Chiapas comparte una historia y dificultades sociales similares. Debido a las condiciones actuales de la región y al interés creciente por ciertas problemáticas emergentes, el grupo de investigadores de la sede incursiona en distintas temáticas que abarcan un amplio abanico de fenómenos sociales, políticos, religiosos, ambientales, migratorios, de salud y educativos, así como procesos históricos que han tenido lugar ahí.
El trabajo de investigación que se lleva a cabo en el CIESAS Sureste implica vínculos con otras instituciones académicas, con organismos sociales e instancias nacionales e internacionales. También conlleva el desarrollo de relaciones con los pares del CIESAS, con otros centros del Sistema SEP-Conacyt y la comunidad científica en general. El trabajo de investigación que se lleva a cabo en el CIESAS Sureste implica vínculos con otras instituciones académicas, con organismos sociales e instancias nacionales e internacionales. También conlleva el desarrollo de relaciones con los pares del CIESAS, con otros centros del Sistema SEP-Conacyt y la comunidad científica en general. Para tales propósitos desde 2012 los posgrados que tienen su sede en San Cristóbal de Las Casas, constituyeron la Red de Posgrados de San Cristóbal cuyo propósito es la articulación de acciones que permitan enfrentar de manera conjunta las problemáticas que aquejan los programas de posgrado en la región.
Como centro público de investigación adscrito al Sistema de Centros Conacyt en el Subsistema de Ciencias Sociales, la Unidad Sureste tiene como objetivos: el desarrollo de investigación básica y aplicada; la formación de recursos humanos de alto nivel en investigación científica: la publicación de resultados de investigación; la vinculación con organizaciones regionales y con la comunidad en su conjunto, a través de programas de extensión académica y de difusión.